Ci sono differenze tra i due giochi, ma sono principalmente grafiche o legate a Steam. Come affermato su Wikipedia:

L'edizione HD include sia il gioco originale che l'espansione The Conquerors, oltre a una grafica aggiornata per schermi ad alta risoluzione. Supporta anche contenuti generati dagli utenti tramite Steam Workshop e giochi multiplayer forniti tramite i server Steam.

Ci sono tre espansioni a pagamento, The Forgotten, The African Kingdoms e Rise of the Rajas che sono esclusivi di questa versione del gioco.

È anche importante notare che un team continua a lavorare per aggiornare la versione HD del gioco. Anche se sarebbe ridicolmente lungo enumerare tutte queste modifiche qui, possiamo almeno dire che coprono molti punti diversi: miglioramento delle prestazioni e del rendering, correzione di bug, bilanciamento delle unità, aggiornamento delle IA e altri punti convenienti. Ad esempio, possiamo citare questa domanda in cui abbiamo parlato della possibilità di spostare un numero maggiore di unità rispetto alla versione originale del gioco.

Fonte: Wikipedia